El objetivo de la segunda fase del Programa Umbral es reducir la corrupción y fortalecer el estado de derecho en Paraguay a través de un control más efectivo de los recursos públicos mediante tareas de prevención, control y sanción de hechos de corrupción. 

Los esfuerzos del programa están enfocados en las siguientes instituciones: 

	Ministerio Público
	Para el fortalecimiento de la capacidad investigativa de los fiscales

	Corte Suprema de Justicia
	En la consolidación de los sistemas disciplinarios y de control interno del Poder Judicial

	Contraloría General, Ministerio de Hacienda, Ministerio de Salud
	En el mejoramiento de los mecanismos de control interno en la administración pública así como en otras 9 instituciones del estado

	Dirección Nacional de Aduanas
	En la facilitación de los trámites de comercio exterior, control interno y lucha contra el contrabando

	Ministerio de Industria y Comercio
	Para una mejor protección de los derechos de propiedad intelectual

	Ministerio del Interior y Policía Nacional
	Para mejorar la formación profesional y fortalecer los sistemas de control interno de la Policía Nacional

Al término de los dos años del Programa, se espera contar con un estado con mejor capacidad de controlar la corrupción e instituciones públicas más transparentes, lo cual le permitirá calificar para la cuenta principal de la Corporación Desafío del Milenio y recibir apoyo financiero para acciones gubernamentales tendientes a la reducción de la pobreza a través de un crecimiento económico sustentable.